Ogród Botaniczny Uniwersytetu Jagiellońskiego (łac. Hortus Botanicus Universitatis Jagiellonicae) – ogród botaniczny założony w 1783 w Krakowie, położony na wschód od Starego Miasta, na terenie Wesołej (obecnie dzielnica II Grzegórzki) przy ul. Kopernika 27. Ogród zajmuje powierzchnię 9,6 ha.
Nauka botaniki na potrzeby medycyny wykładana była na Uniwersytecie Jagiellońskim od końca XVI wieku. Jednak uczelnia nie posiadała ogrodu badawczego. Zapis dr. Kazimierza Stepkowskiego (rektor uczelni) w 1756 r. w wysokości 5 tys. złotych umożliwił wstępne prace przy założeniu ogrodu. Ogród Botaniczny Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie, założony został w 1783 r. i jest obecnie najstarszym w Polsce.
Krakowski ogród botaniczny powstał na miejscu ogrodu rodziny Czartoryskich, zakupionego w 1752 przez jezuitów. Po kasacie zakonu został on przekazany Komisji Edukacji Narodowej, która w ramach reformy Akademii Krakowskiej założyła ogród botaniczny jako zakład pomocniczy katedry chemii i historii naturalnej. Obszar, obejmujący początkowo ok. 2,4ha zaprojektowano jako park barokowy typu francuskiego, w obrębie którego urządzono kolekcje roślin leczniczych oraz ozdobnych. Organizacją ogrodu zajmował się Jan Jaśkiewicz (1749-1809). W roku 1783 ruszyły prace przygotowawcze, a w 1787 r. postawiono pierwsze szklarnie. Obszar ogrodu powiększano kilkukrotnie. Swą obecną powierzchnię ok. 9,6ha uzyskał w latach pięćdziesiątych XX wieku. Najwcześniejszy kompleks szklarniowy "Victoria", którego część stoi w miejscu najstarszych szklarni został przebudowany w XIX i XX wieku, a w latach 1993-1998 poddano rekonstrukcji. W 1882 r. wybudowano palmiarnię istniejącą do 1969 r. W 1966 r. oddano do użytku palmiarnię "Jubileuszową" wraz z zespołem szklarni tropikalnych. Z 1954 r. pochodzi "Holenderka" – niska cieplarnia zawierająca m.in. zbiory storczyków.
W latach 1788-1792 zbudowany został gmach Obserwatorium Astronomicznego (przebudowany w 1858-1859). W obserwatorium pracował Jan Śniadecki, znany krakowski matematyk i astronom, a także wybitny astronom Tadeusz Banachiewicz. Obecnie w budynku zwanym Collegium Śniadeckiego mieści się Instytut Botaniki UJ. W 1792 na terenie ogrodu powstała jedna z najstarszych stacji meteorologicznych na terenie Polski. Posiada ona nieprzerwaną serię pomiarową od 1825.
Od połowy XIX wieku, głównie za sprawą wybitnego botanika Józefa Warszewicza (1812-1866) podróżnika po Ameryce Środkowej i Południowej, zaczyna być rozwijana kolekcja roślin storczykowatych. Dzisiaj jest ona najstarszą i największą kolekcją tego typu w Polsce, z około 500 gatunkami.
Stan kolekcji ulegał zmianom w zależności od sytuacji politycznej kraju i warunków rozwoju nauki w Uniwersytecie Jagiellońskim. Pod koniec XVIII wieku w ogrodzie znajdowało się około 3 tys. gatunków roślin, głównie użytkowych. Kolekcja roślin podupadła na początku XIX wieku i dopiero w latach 20. XIX wieku pod kierunkiem Alojzego Estreichera (1786-1852) została odbudowana. Szczególną sławę zyskał Ogród w latach 60. XIX wieku za czasów Ignacego Rafała Czerwiakowskiego (1808-1882). Zbiory podupadły pod koniec XIX wieku i dopiero Marian Raciborski (1863-1917), badacz flory Polski i Jawy rozpoczął ich odnowę na początku XX wieku (założył nowe alpinarium, dział genetyki i zmienności roślin). Swój obecny wygląd ogród zawdzięcza Władysławowi Szaferowi (1886-1970) jednemu z najwybitniejszych polskich botaników. Od 1991 dyrektorem jest Bogdan Zemanek, za którego kierownictwa przeprowadzono remonty szklarni, kotłowni, Collegium Śniadeckiego i bocznych budynków.
W 1976 Ogród Botaniczny UJ wpisany został do rejestru zabytków, jako cenny obiekt przyrody, pomnik historii nauki, sztuki ogrodniczej i kultury.
W dniu 26 maja 1983 r. w czasie uroczystości jubileuszu 200-lecia Ogrodu Botanicznego UJ otwarto stałą ekspozycję według scenariusza Alicji Zemanek i projektu plastycznego Jerzego Świecimskiego. W 1983 r. powstała ogólnopolska Sekcja Historii Botaniki Polskiego Towarzystwa Botanicznego, z siedzibą i programem badawczym sprzężonym z działalnością Muzeum.
Arboretum, czyli parkowa część Ogrodu, skupia kolekcję drzew i krzewów i zajmuje największą powierzchnię. Częściowo skomponowane jest jako park krajobrazowy, a częściowo jako grupy tematyczne – geograficzne lub ozdobne. Kolekcja roślin drzewiastych liczy ok. 1000 gatunków i odmian, najcenniejsze grupy to klony oraz dęby. Wśród wielu pięknych i znakomitych roślin króluje ponad 200-letni "Dąb Jagielloński".
